在科研工作中,孙其善主要负责完成飞机翼面优化设计系统及应用项目,被评为航空工业部科研成果三等奖;科研统计管理系统被评为航空工业部科研管理成果三等奖;1988年4月,孙其善被国家航空工业部沈阳研究所记为二等功,因为他在歼八I型飞机的研制和设计定型方面取得了显著成绩。
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